第二次世界大戦中、日本は非常に控えめな核研究プログラムを持っていました。正確に言うと、2つの小規模で控えめな研究プログラムがありました。一つは、陸軍が後援し、東京を拠点とし、西名義雄が率いるNIプロジェクトでした。ピーク時には32人の主要研究者がいましたが、おそらく100人の助けを借りることができました。総予算は約50万米ドル（1945年）でした。彼らは六フッ化ウランを作り、熱拡散技術の研究を行いました。研究所は1945年4月に連合軍の爆撃で破壊されました。

もう一つのプロジェクトは、海軍が資金を提供し、京都の荒勝文策が率いるFプロジェクト（F-Go、Fは「核分裂」の意）でした。20人未満の主要研究者がおり、資金はわずか15万米ドル（1945年）でした。彼らはウラン濃縮の遠心分離法を研究していました。いくつかの小さな試作品と設計を行いましたが、戦争終結までに未完成でした。

この2つのプロジェクトは連携しておらず、単なる研究プロジェクトでした。彼らは実際に兵器を作ろうとはしていませんでした。これらの数字を比較すると、マンハッタン計画では約5,000〜10,000人の科学者が雇用され、総雇用数は50万人を超え、20億米ドル（1945年）の費用がかかりました。したがって、マンハッタン計画は、日本の核プログラム全体よりも1日で多く費やすことが多く、ロスアラモスやシカゴの単一の研究部門は、彼らのプログラム全体よりも大きくなる可能性がありました。