2018年までに、YCのパートナー数名がアルトマン氏の行動に非常に不満を抱き、グラハム氏に苦情を申し立てた。グラハム氏と彼の妻でYCの創設者であるジェシカ・リビングストン氏は、アルトマン氏と率直な話し合いをしたようだ。その後、グラハム氏は、アルトマン氏が会社を去ることに同意したものの、実際には抵抗していると周囲に言い始めた。アルトマン氏は、YCのパートナー数名に、社長を辞任するが会長になると伝えた。2019年5月、YCに新しい社長が就任したことを知らせるブログ記事には、「サムはYCの会長に移行します」という注釈が付いていた。数か月後、投稿は「サム・アルトマンはYCでの正式な役職から退いた」と編集され、その後、そのフレーズは完全に削除された。しかし、2021年という比較的最近の時点でも、証券取引委員会への提出書類にはアルトマンがY Combinatorの会長として記載されていた。（アルトマンは、ずっと後になるまでこのことを知らなかったと述べている。）アルトマンは長年にわたり、公の場でも最近の証言録取でも、YCから解雇されたことは一度もないと主張しており、辞任に抵抗しなかったと語っている。グラハムはツイッターで「我々は彼に辞めてほしかったのではなく、YCとOpenAIのどちらかを選んでほしかっただけだ」とツイートしている。グラハムは声明の中で、「我々には誰かを解雇する法的権限はなかった。できることは道義的な圧力をかけることだけだった」と語っている。しかし、非公式には、アルトマンがYCのパートナーの不信感のために解任されたことは明白だと述べている。