クローン技術における最大の課題は遺伝子を複製することではなく、「エピジェネティック・リプログラミング」と呼ばれる生体細胞の初期化です。細胞には遺伝子だけではなく、環境や経験も成長や行動に影響を与える要素として刻まれており、DNA配列そのものではなく、どの遺伝子を働かせるかという情報も細胞には記録されています。そんな生体細胞に特殊化した役割を忘れさせ、受精直後の胚のように振る舞わせるリプログラミングは難しく、初期化が不完全であることが多いため、多くのクローン胚は正常に発達しません。